支序分類學
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此一分支圖顯示不同的昆蟲群體間的演化關係。
分支圖是一個在圖論中所指的樹狀圖。
支序分類學（英語：Cladistics）又稱親緣分支分類學，是一種生物分類的哲學，其指只依據演化樹分支的順序，而不參考形態上的相似性來排列物種。此一學派的主要貢獻者一般認為是德國昆蟲學家威利·漢寧根，他稱此為種系發生系統學[1]。
分支研究的最終結果是由被稱之為「分支圖」的樹狀關係圖來描繪出其假定的關係。
[2]現代的系統學研究會收集各方面的資料，包括DNA序列、生化數據和形態學上的數據等。
在一個「分支圖」中，所有的生物體都如同一片樹葉，且每個內節點理想上都是二元（有兩條分歧）的，在此一分歧點兩端的分類群即稱為「旁系分類群」或「旁系群」。每一枝幹，不論其包含了上萬種類別或只有一種類別，都被稱做是一個分支。一個自然的類群應該會有包含在任一分支裡的所有生物體，這個分支會有著屬於此一分支的唯一祖先（一個不會是此一分支外的其他生命體的祖先）。每一分支都會有一些只共同出現在分支內每一個成員上，而不會出現在其他生命體上的特徵。這些特徵稱之為衍徵。例如，堅硬的前翅（鞘翅）是鞘翅目的衍徵，而幼葉卷疊式－由卷曲的幼芽舒展成叶子則是蕨類植物的衍徵。
目录
1 术语
2 支序分类方法
3 支序分類法分类
4 參考文獻
5 相关条目
6 外部链接
术语
一個特徵狀態若是同時表現在外類群和其祖先身上時，稱之為「祖徵」；而若只出現在之後的後代時，則稱之為「衍徵」。用祖徵和衍徵來代替原始和先進這些詞是因為，若是在不同的環境之下，每種特徵都有可能是先進的。用祖徵來指分支的「分類基礎」在非正式的情況下並不會不普遍。
一些種類如果比其他種類具有更多的祖徵，稱為基本分支，一般來說基本分支比其他衍生分支的種類要少得多，基本分支也可能現在已經不存在，例如鳥類和哺乳動物的共同祖先就已經不存在，雖然它们之間有許多共同的祖徵存在。
支序分类方法
分支分类分析必须收集信息，并区分什麽是“一般特征”什麽是“特殊性状”。在以前，研究者必须区分哪些特殊性状是共同祖先以前具有的（祖徵），哪些是共同祖先单独具有的特征（共源性状），要和分支以外的种群比较，只有共源性状才能用来确定一个分支。
要确定一个分支，必须有足够大量的共源性状，才能说明这种特征不是由于共同的祖徵，不是由于趋同进化造成的同形相似（因为生活在同一环境，而不是因为有同一祖先造成的相似特征）。例如鸟类和昆虫有生活在相似的环境中都具有的翅膀（共同的特征），但却是沿着不同的进化路线发展的，如果将它们放到一个分支内就是错误的。
共源特征确定后，要依照简约化的原理确定之间的关系（也是一种奥卡姆剃刀原理），另外也主要也依照分子进化理论，选取最接近的分支。
现代不太容易出现由于研究者自身造成的偏差，因为一般分析都使用计算机软件，现在有各种复杂的软件可以用来分析和计算分支。
但有时也会出现许多冲突，例如外形特征和基因分析完全不同等，造成分到不同的分支内，现在种系发生学提供了得到大部分人赞同的结论。
现代DNA系列的测定已经比较容易，种系发生学得到分子数据的支持，计算机系统可以处理大量的数据，能精确筛选出真正的共源特征数据。更为有效的方法是利用染色体中的反转座子记号。最理想的是将形態學、分子生物学、以及行为生态等种系发生学的信息结合起来，没有一种方法是完全完美的。所有的方法都有自己的误差，在形态学中经常发生趋同进化的错误，但在分子生物学中却经常有和外在特征冲突的现象，分子数据虽然比利用化石数据更精确，但也充满误差。各种方法的比较和结合，才能得到更好的结果。
亲缘分支理论并不能取代现在所有的进化理论，只是对现有的知识进行一些修正。这种理论也可以使用到生物学以外的领域，目前已经应用到历史语言学中确定语言的族属分类，和古代文献考订中确定文献派生情况等。
结点分支:最近的共同祖先分出的A和B以及它们的后代。
主干分支: 包括A和B 的比较远的共同祖先及其后代，但不包括Z。
派生分支: A 和B 最近的共同祖先及其后代，还包括具有一定的派生特性的较远祖先。
支序分類法分类
自从1960年代以来，生物界出现倾向用亲缘分支分类法的“分支主义”，他们主张取消所有非分支的分类系统。但其他分类学家认为虽然种系发生学要应用亲缘分支的技术，但分类仍然有使用传统的门类的必要，两种分类法都应该存在，因为不仅存在单源种系，也有同源种系。
单源种系可以应用分支，全体种系都是从一个祖先派生出来的。同源种系虽然意义相同，但其中一部分种群有独立的进化道路，产生很大的区别。例如鸟类和爬行类具有同一祖先，但进化道路相当不同。脊椎动物和无脊椎动物也是从共同祖先演化来的，但不能分到同一类中。
此外还有多源种系，例如以前分到一类“厚皮类”中的动物象和犀牛并不是来源于同一祖先，而是各自由不同的薄皮祖先进化来的。演化分类学者认为多源在分类学中是错误的，如同将趋同演化的动物或同形的动物分到一类中一样。
分支学者认为同源种系和多源种系是一样错误的，单系群是依据共源性状，可以将各种群进行客观地分类。而同源和多源是依据外观特征，容易造成主观的错误。但其他学者认为分支法将种群分类从“低级”向“高级”分类，容易导致目的论，目的论是在演化研究中应该避免的。
分支学者认为传统的分类方法人为地将物种分成不同的层次，不能真正代表物种演化的实际情况，因此应该放弃林奈的分类法，全部使用简单的亲缘分支层次。
而其他有不同意见的学者认为所有的分类方法都是人为的，都有主观因素在内，所有物种都是在持续不断地演化，任何分类划分都是人为制造前半部单一起源，后半部同源发展，在树形结构的早期就应用同源分类是必要的。例如发展成为灵长类的早期脊椎动物不能放到任何单源分支中。他们还认为同源分类提供了生物形态、生态即生命演化历史中重要变化的信息。也就是说传统分类和分支分类都很有价值，但在不同方面是为不同目的而起作用。
參考文獻
^ Hennig, 1966
^ See, for example, pp. 45, 78 and 555 of Joel Cracraft and Michael J. Donaghue, eds. (2004). Assembling the Tree of Life. Oxford, England: Oxford University Press.
相关条目
- 系统发生树
外部链接
 | 维基共享资源中相关的多媒体资源：支序分類學 |
- 威利·汉宁根协会网站
- 种系发生学报
- 生物演化树网站
- 文献考证中应用分支分类法实例
- 种系发生学进阶
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演化生物学
